Kandungan
Pembiakan buatan mempunyai beberapa kelebihan untuk haiwan domestik dan zoo. Terdapat sedikit peluang bahawa haiwan akan cedera semasa proses mengawan, kurang stres bagi wanita, yang biasanya yang harus diangkut ke rumah lelaki. Tetapi tiada sistem pembiakan yang sempurna, tidak sememangnya inseminasi buatan.
Legality
Dalam baka baka haiwan tertentu, adalah mustahil untuk mendaftarkan anak kepada inseminasi buatan. Ini adalah yang paling menonjol dalam kes kuda yang tulen, semua anak lembu tulen harus menjadi hasil dari perkahwinan semulajadi yang akan didaftarkan di sebuah kelab joki. Sebagai joki kelab Amerika, contohnya, sangat tidak fleksibel pada ketika itu dan jika kuda tidak dapat didaftarkan, dia dihalang daripada berlari.
Ovulasi
Dalam sesetengah spesies, kawin adalah perlu bagi wanita untuk berovulasi, kerana mereka tidak mempunyai tempoh pembiakan tertentu. Sebagai contoh, ada duri mikroskopik pada penis kucing (dari kucing domestik hingga harimau) dan apabila tulang belakang ini dikikis pada dinding faraj wanita, ia menyebabkan mereka melepaskan telur ke dalam rahimnya. Menurut seorang pakar, kucing betina tidak berjemur 20 hingga 23 jam selepas kawin, yang membuat inseminasi buatan mustahil.
Pengumpulan
Untuk mengumpul air mani lelaki, seseorang harus sangat dekat dengan haiwan yang berbahaya dan sangat terangsang dengan alat koleksi. Walaupun sesetengah haiwan seperti babi dan kuda diajar untuk menunggang anak patung, sistem ini tidak wujud untuk haiwan zoo. Contohnya, kuil koala Lone Pine telah berjaya melakukan koala dengan vagina buatan, tetapi hanya dapat mengumpulkan air mani setelah berhenti kawin nyata. Koala boleh menyebabkan kecederaan serius.
Kos
Satu lagi kelemahan utama adalah kos yang cukup untuk menyimpan sperma yang dikumpulkan dalam nitrogen cair, hantar kepada wanita dan kemudian meminta doktor haiwan untuk menjalankan proses pembiakan. Panda raksasa, misalnya, perlu dibiakkan sebelum pembiakan. Kos peralatan pengumpulan, kemudahan penyimpanan, pengangkutan dan penjagaan veterinar boleh tinggi. Sebaliknya, pembiakan semulajadi mungkin agak murah, terutama untuk haiwan yang jinak.
Spekulasi
Terdapat juga teori bahawa haiwan perlu mempelajari perbuatan pembiakan dengan menonton pasangan ibu bapa mereka. Mamalia dan burung perlu melihat anggota spesis mereka untuk belajar. Menurut penyelidik dari Animal Planet, ini adalah keprihatinan khusus dalam panda raksasa, sejak wanita itu mempunyai masa suburnya setahun sekali. Panda betina perlu dibiakkan sebelum inseminasi buatan. Ini tidak memberi banyak masa untuk lelaki menemui tingkah laku reproduktif, tidak banyak panda tawanan yang tahu bagaimana pasangan. Sekiranya semua haiwan dibiakkan oleh inseminasi buatan, dari masa ke masa, ini akan menjadi satu-satunya kaedah yang diketahui oleh mereka untuk menghasilkan semula.