Kandungan
Lise adalah perkataan Yunani dan bermaksud "memecah belah" atau "membusuk". Ini adalah gambaran yang baik mengenai reaksi yang berlaku dengan sel-sel dalam buffer lisis, penyelesaian yang memecahnya untuk mengekstrak kandungannya. Para saintis menggunakan penyelesaian ini untuk mengekstrak DNA atau protein dalam analisis sel, terutama dalam kes bakteria. Jenis penyangga lisis sel berbeza-beza bergantung pada jenis eksperimen, namun kita akan menyebut beberapa pilihan umum.
Buffer dan garam
Penyelesaian penyangga menstabilkan pH, sementara sel-sel menjalani proses lisis. Penyelesaian tris-HCL adalah penyangga yang paling umum untuk penyangga pada pH 8, jika pH diinginkan. HEPES adalah satu lagi penyelesaian penyangga biasa dalam eksperimen ini. Natrium klorida juga dapat ditambahkan untuk meningkatkan kekuatan ion, kepekatan total zat terlarut di luar sel. Yang terakhir ini penting kerana air dapat menyebar ke semua membran sel, dari kawasan dengan kepekatan zat terlarut yang rendah hingga yang mempunyai kepekatan tinggi.
Bahan pencuci
Bahan pencuci adalah bahan utama yang melarutkan membran sel sehingga kandungannya dapat melarikan diri. Bahan pencuci adalah molekul amphipatik, iaitu, dengan satu hujung yang mudah berinteraksi dengan molekul air sementara ujung hidrofobik yang lain, atau "yang takut air", tidak melakukan interaksi tersebut. Mereka dapat melarutkan lemak dengan membentuk misel, kumpulan kecil, di mana ekor hidrofobik molekul pencuci mengarah ke molekul lemak. Bahan pencuci biasa ialah sodium dodecyl sulfate atau SDS, NP-40 dan tritonX.
Ejen dan perencat Chelating
Lys buffer biasanya juga mengandungi agen chelating seperti etilena diaminetetraacetic acid (EDTA) atau retylene glycol tetraacetic acid (EGTA). Bahan kimia ini mengikat ion logam dengan cas +2 (misalnya, magnesium dan kalsium), sehingga menjadikannya tidak tersedia untuk reaksi lain. Banyak DNAses (protein yang mengunyah DNA) dan protease (protein yang memotong protein lain) memerlukan ion magnesium untuk berfungsi, jadi dengan melepaskannya dari bahan utama ini, EDTA dan EGTA, mereka membantu mengurangkan tahap protease atau aktiviti DNAse. Walau bagaimanapun, mereka tidak mengecualikannya sepenuhnya, dan beberapa protease tidak bergantung pada kofaktor magnesium, jadi penyangga lisis kadang-kadang juga mengandungi bahan yang disebut inhibitor protease, yang mengikatnya dan menghalangnya daripada berfungsi dengan baik.
Lisis Beralkali
Lisis alkali adalah teknik yang sangat biasa untuk membersihkan plasmid dari bakteria. Kaedah ini menyiratkan penggunaan tiga penyelesaian. Yang pertama mengandungi glukosa, tris-HCL buffer, EDTA dan RNAses. Glukosa menghasilkan kepekatan zat terlarut yang tinggi di luar bakteria, sehingga ia menjadi sedikit lembik, memudahkan proses lisis. EDTA dan tris-HCL berfungsi seperti yang dijelaskan sebelumnya, sementara RNAse akan mengunyah mana-mana RNA di dalam sel untuk mengeluarkannya. Penyelesaian kedua berkesan melakukan lisis sel. Ini berisi deterjen SDS dan NaOH, yang menaikkan pH menjadi 12 atau lebih tinggi, mendenaturasi protein di dalam sel dan menyebabkan DNA terpisah menjadi filamen sederhana. Penyelesaian ketiga mengandungi kalium asetat untuk mengembalikan pH ke tahap yang lebih neutral, sehingga helai DNA plasmid dapat bersatu. Sementara itu, protein yang didenaturasi bersatu dan mendakan, sementara ion dodecyl sulfate bergabung dengan ion kalium untuk membentuk sebatian yang tidak larut, yang juga dapat memendapkan larutan.